Pero si se desviaron en varias ocasiones ya fuera por la meteorología, ya para comprobar la insularidad de las tierras que exploraba o descartar supuestos avistamientos de masas de tierra. En la Isla Sur tuvo lugar la parada más prolongada durante los casi seis meses pasados en las dos islas, cuando tras algo más de tres meses explorando la Isla Norte permanecieron fondeados 23 días en la ensenada de Ship Cove en el Queen Charlotte Sound, en los Marlborough Sounds, en la costa noreste de la isla Sur, lugar que Cook iba a elegir como base de aprovisionamiento y de descanso de sus futuros viajes.