Grandes generaciones dentro del equipo permitieron que el filial disputase 18 temporadas en la Segunda División compitiendo con primeros equipos históricos del fútbol español. «Los 100 años del Real Madrid, uno a uno:1902». Sin embargo en la temporada 1931-32 el ahora Donostia FC quedó antepenúltimo, solo por delante de Alavés y Real Unión, camiseta real madrid con 14 puntos y a 3 del descenso. El envite constaba de dos partes de 40 minutos, pero fue suspendido a 15 minutos del final por falta de luz.