A finales de su quinto mandato (2004-2008), el Gobierno de la Nación a través del Consejo Superior de Deportes, instó a la RFEF a cumplir una Orden Ministerial del 6 de diciembre de 2007, que obligaba a convocar elecciones antes del verano de 2008 a todas aquellas federaciones que no hubiesen logrado la clasificación para los Juegos Olímpicos de Pekín. Aunque la Real, por varios motivos, no logra clasificarse para ningún campeonato de España, se consolida como uno de los cuatro grandes del fútbol vasco y nace una fuerte rivalidad con los otros tres, camiseta del madrid especialmente con el Real Unión y Athletic Club.
