Ganar la Copa le permitió disputar por primera vez la Recopa de Europa, lars7 campeonato organizado para los campeones de Copa de países europeos. El 6-0 ante el equipo turco vio el primer gol desde el punto de penalti de Sergio Ramos en la Liga de Campeones (al margen del logrado en la tanda de la final de San Siro ante el Atlético). En la Copa por primera vez se enfrentó a su filial en dieciseisavos de final, el C. D. Mestalla, y se alcanzaron las semifinales, quedándose a las puertas de una final. En marzo de 1959 se inauguraba la iluminación eléctrica de Mestalla, pero con el final de esta década terminaba un ciclo en el valencianismo con la marca del legendario Puchades a los 32 años tras 12 temporadas en el club, y con la dimisión del presidente Luis Casanova tras una presidencia de casi 19 años y siendo el presidente que más títulos ha celebrado y partícipe en la remodelación del estadio. En la final a doble partido el rival fue el Barcelona, pero a causa del mundial no se pudo disputar hasta septiembre, lo que hizo que hubiera cambios en ambos equipos, como el del técnico valencianista que pasó a ser el argentino Alejandro Scopelli, que sustituyó a Domingo Balmanya que declinó renovar su contrato.

Los años 60 empezaron con una irregular temporada a las órdenes del técnico Domingo Balmanya y con Vicente Iborra Gil como presidente, aunque se mejoró durante la segunda vuelta y se terminó en quinta posición. Fue el tercer título del técnico Jacinto Quincoces en su quinta temporada. En verano de 1963 se hace cargo del equipo el mítico exjugador Pasieguito, aunque no tuvo fortuna como técnico en esta primera etapa ya que en enero de 1964 fue destituido por muy malos resultados en liga que llevaron al equipo a mirar de cerca los puestos de descenso, y su sustituto fue el exdelantero Mundo, hasta entonces técnico del filial. El actual entrenador del Real Madrid es el exjugador Pablo Laso (nombrado tres años consecutivos mejor entrenador de la liga Regular ACB -2012/13, 2013/14, 2014/15-, tres veces mejor entrenador ACB -2012/13, 2014/15 y 2015/16- y mejor entrenador del año de la Euroliga 2014/15 y 2017/18) -quien ha conquistado hasta el momento: cinco Ligas -cinco títulos de Liga Regular-, seis Copas, cinco Supercopas de España, dos Euroligas (llegando a 4 finales y 6 Final Four) y una Copa Intercontinental.

En cuartos de final el rival otro escocés, el Hibernian FC, y la ida terminó con goleada 5-0 (dos de Waldo, dos de Roberto Gil y uno del brasileño Chicao) mientras en la vuelta se perdió 2-1. En las semifinales el rival fue la AS Roma y en la ida un enrachado Valencia le endosó un 3-0 (Chicao, Héctor Núñez y Guillot). En la segunda parte el juego se igualó y marcó Marcelino para adelantar 2-1 a los maños, pero poco después marcó gol Guillot y fue anulado, y más tarde el mismo futbolista fue objeto de penalti pero no se señaló. Porque la camiseta negra del Real Madrid de la segunda equipación ha llegado para cambiar las reglas del juego e imponer la imagen del equipo de una manera completamente nueva y única. Esta final también se recuerda por una imagen del portero Quique celebrando el triunfo sentado sobre el larguero de una de las porterías. Se disputó a partido único el 24 de junio en el Camp Nou y fue posiblemente la final con el arbitraje más polémico sufrido por el Valencia, obra del portugués Joaquim Fernandes de Campos. El portugués Nuno Espírito Santo se convirtió en el técnico del nuevo proyecto como apuesta personal de Lim, asesorado por su amigo y socio Jorge Mendes, y se realizan un total de 15 incorporaciones, algunas en forma de cesión de Meriton al haber comprado previamente sus derechos, como fueron los casos de André Gomes y Rodrigo.

En el partido de vuelta el técnico fue José Manuel Rielo, el 13 de junio en el Carlos Belmonte, donde se ganó 1-2 con goles de Robert y Penev. El técnico Mundo dimitió tras la quinta jornada y se contrató a Joseíto para el resto de temporada, y nombró capitán al joven Juan Cruz Sol. Temporada 1998-99: 30 de junio de 1999, segundo ascenso a Segunda B en el Estadio Municipal de La Línea de la Concepción empatando 2-2 frente al Hellín Deportivo en la última jornada de su grupo de la Fase de Ascenso y ganando el mismo. Fue el 20 de junio frente al Barcelona y el resultado fue un contundente 3-0 con dos goles de Fuertes y uno de Badenes. La vuelta fue el 26 de junio en un Mestalla lleno y, a pesar de los apuros, se ganó 2-0 con goles de Mañó y Héctor Núñez, nueva equipacion real madrid confirmando al Valencia como campeón de la Copa de Ferias 1962-63 en su segunda participación. Pero la temporada pasará a la historia por la segunda participación del club en la Copa de Ferias y su segundo triunfo. El partido de vuelta fue el 12 de septiembre en el Camp Nou y el empate 1-1 hizo que el Valencia se proclamase campeón de la Copa de Ferias 1961-62 en su primera participación.